Υπάρχουν τρεις βασικές κατηγορίες πρωτοκόλλων διέγερσης με φάρμακα, που μπορεί να χρησιμοποιηθούν κατά τη διάρκεια ενός κύκλου εξωσωματικής γονιμοποίησης, οι οποίες όμως μπορεί να τροποποιηθούν ανάλογα με την περίπτωση. Ωστόσο, επειδή η κάθε ασθενής αντιδρά διαφορετικά στον κάθε κύκλο, είναι ιδιαίτερα σημαντικός ο σχεδιασμός του ιδανικού πρωτόκολλου διέγερσης των ωοθηκών, προκειμένου η ανταπόκριση των ωοθηκών να είναι η βέλτιστη, να παραχθεί ικανοποιητικός αριθμός ωαρίων, καλύτερη ποιότητα εμβρύων και να αποφευχθεί το σύνδρομο υπερδιέγερσης των ωοθηκών.