Στην περίπτωση που μία ασθενής δεν έχει ικανοποιητική ή καθόλου ανταπόκριση στο μακρύ πρωτόκολλο με αγωνιστή, ή διατρέχει τον κίνδυνο συνδρόμου υπερδιέγερσης των ωοθηκών (OHSS), όπως στο σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών (PCOS) , τότε το πλέον κατάλληλο πρωτόκολλο είναι αυτό με χρήση ανταγωνιστή. Και πάλι, σε ορισμένες περιπτώσεις, μπορεί να χορηγηθούν αντισυλληπτικά χάπια, πριν την αρχή της θεραπείας. Η διέγερση με γοναδοτροπίνες ξεκινά τη 2η ημέρα της περιόδου και λίγες μέρες μετά προστίθεται και ο ανταγωνιστής. Πραγματοποιείται υπερηχογραφική και μερικές φορές ορμονική παρακολούθηση και όταν η γυναίκα είναι έτοιμη προσδιορίζεται πότε θα γίνει η ωοληψία. Ορισμένες γυναίκες μπορεί να επωφεληθούν και από μία παραλλαγή του συγκεκριμένου πρωτοκόλλου όπου δύο εβδομάδες πριν την έναρξη της περιόδου γίνεται ειδική προετοιμασία με οιστρογόνα.